En tant que groupe, Marilyn Manson apparut à Tampa Bay en Floride sous le nom Marilyn Manson & the Spooky Kids. C'est en 1992 que le groupe décida de s'appeler simplement Marilyn Manson sous les conseils de John Tovar, manager de l'époque. En assurant la première partie du groupe de rock indus Nine Inch Nails (NIN), Manson fait la rencontre de Trent Reznor, chanteur et leader de NIN. Cette rencontre sera décisive pour le groupe et son style musical. En effet, en 1993, Trent Reznor signera le groupe Marilyn Manson sur son ex-label Nothing Records jusqu'en 2003: les activités de Nothing sont aujourd'hui en suspens suite à un conflit entre John Malm Jr et Trent Reznor, les deux gérants du label (ce premier ayant été condamné juridiquement à reverser 2.95 millions de dollars à Reznor suite à des commissions impayées).
À l'instar de David Bowie, Marilyn Manson a associé à la création de chaque album un concept. Ce concept s'incarnant en un personnage auquel le chanteur s'identifie : l'Antéchrist pour l'album Antichrist Superstar ; lors de la sortie de Mechanical Animals, la pop-star décadente et extra-terrestre Omega ; quant à Holy Wood, il referme une sorte de trilogie inversée en présentant un être nommé Mercury. Pour The Golden Age of Grotesque l'arch Dandy.
